Nazwa miasta pochodzi na nazwy rzeki, która przepływa przez miasto. Z kolei nazwa rzeki jest prawdopodobnie starsza od napływających osiedleńców germańskich czy słowiańskich, należy do praeuropejskiej warstwy nazewniczej. Bardzo stara osada handlowa. .; od 1201 posiadłość biskupów wrocławskich, którzy mieli swoją rezydencję w mieście. Biskupi mogli chronić się w Nysie w przypadku zatargów z książętami wrocławskimi. Aż do końca panowania austriackiego na Śląsku była państwem biskupim, którzy nie szczędzili pieniędzy na inwestycje budowlane, dzięki czemu w mieście powstało wiele bardzo cennych budynków barokowych. Miasto lokowane 1223; ważny ośr. handl. na szlaku z Pragi do Wrocławia. Miasto znane było z handlu i produkcji sukna i płótna. Od 1521 drukarnia istniała w mieście drukarnia, drukująca m.in. pol. książki, w 1624 założono kolegium jezuickie. Zniszczona podczas wojny trzydziestoletniej (1618–48); ponowny rozwój nastąpił w XVIII w. W państwie prus (1741-1945). została zamieniona w twierdzę, co zahamowało rozwój miasta. Jak wszędzie na Śląsku, w 1810 nastąpiła sekularyzacja dóbr kościelnych, co dporowadziło do zaniedbań wielu cennych budynków. Od 1847 Nysa miała połączenie kolejowe z Brzegiem i Wrocławiem (obecnie ponownie miasto ma połączenie z Brzegiem), od 1887 z Opolem. Podczas II wojny świat. podobóz obozu koncentracyjnego Gross-Rosen, obozy pracy przymusowej; w 1945 zamieniona w twierdzę, zniszczona w ponad 50%. Od 1945 w granicach Polski. Miasto wypalone stało po wojnie, zostało rabunkowo zniszczone przez wydobywanie ogromnych ilości zabytkowej cegły. Odbudowano główne zabytki: ogromny gotycki kościół św. Jakuba, tzw. katedrę (ze względu na obecność biskupów), jak tez budowle monumentalne, bez ratusza, którego wieża była jedna z wyższych na Dolnym Śląsku. Zatarto układ urbanistyczny, który jest do odczytania jedynie dla wprawanego oka. Miasto boryka się z ogromnym bezrobociem, po zamknięciu produkcji samochodów dostawczych w 2002 roku, inwestycje przemysłowe są wstrzymywane ze względu na plany rozwoju przemysłu turystycznego (bliskość gór, m.in. pasma Jesioników w Czechach, a także gór Kotliny Kłodzkiej), wiele zbiorników sztucznych, stosunkowo mało zdewastowany krajobraz wsi..